夜獣の裔(やじゅうのすえ)と呼ばれる血盟があります。この血盟は、「地獄門」崩壊後の夜刀神鳥日子のやり方に不満を持ち、流派を離脱したと言われる元隠忍の血統の面々によって構成されています。彼らは、「人間とその文明の破壊者」を標榜し、様々な妖魔災害を引き起こしています。
ある時、夜獣の裔の一員は、都内某所で「緋王子(あかおうじ)」と呼ばれる呪術兵器を起動しました。起動後十二時間で「緋王子」は発動し、首都圏一帯を炎で焼き尽くします。夜獣の裔は、「緋王子」の停止と引き換えに、比良坂機関の解体を要求しました。
比良坂機関は、当然その申し出を却下。「緋王子」の回収忍務をPC1、PC2、PC3、そして世界忍者連合の「キッド」という忍者に依頼します。回収したアタッシュケースは、比良坂機関が指定した場所に届ける手はずになっていました。回収部隊は、野獣の裔の用意した罠を乗り越え、「緋王子」の奪取に成功します。「緋王子」を指定された場所に届ければ、忍務は完了するはずでした。
回収部隊は、本部への帰還の途中、野獣の裔の猛烈な追撃を受けてしまいます。PCたちは、分散して敵を振り払うことにします。何とか追撃部隊を返り討ちすることには成功しましたが、肝心の「緋王子」を持ったPC1だけが、到着予定時刻になっても合流場所に現れません。
捜索の結果、PC2と3は、街の中を彷徨うPC1を発見します。しかし、PC1は「緋王子」を入れた「とあるアタッシュケース」を持っていません。それどころか、自分に関する記憶すら失っていたのでした!