西暦2XXX年。6年に及ぶ外惑星調査を終えた探査船「ギャラクティカ・アーク号」は、満身創痍で地球軌道へと帰還した。未知のウイルスによるパンデミック、船体中破、そして謎の通信途絶。度重なる死線を越え、ようやく故郷の青い輝きを眼前に捉えた乗組員たち。しかし、大気圏突入を目前にして、機体は突如として拒絶反応のような激しい振動に襲われる。
アーク号「原因不明の機材トラブル。姿勢制御不能。修理……不可能です」
鳴り止まない警報音の中、4人の忍びたちに究極の選択が突きつけられる。血の滲むような6年間で積み上げた「貴重な収集品」を捨てるか、そして地上に住む「数万の無辜の民」を危険に晒すか。
シノビガミ『スペースシャトルSOS!』――。
絶望の摩擦熱が、すべてを焼き尽くし始める。