とある地方都市にある私立八馬高校。
そこでは、密かに忍者の家系の学生に、忍者としての心得を授ける特別な授業が日々執り行われていた。
PCが担任として配属されたのは、荒れ果て、全員の留年が危ぶまれるクラス、3年C組だった。
　PCは3年C組の生徒たちを無事、卒業させることはできるのか？
　また、所属する生徒たちの思惑は、いったい？

2:誰かが教室に猫を連れてきた！泣く子も黙るC組の生徒といえど、猫の愛らしい表情には釘付けだ。
3:校庭の端にある体育倉庫は、どんなことをするにもぴったりの場所だ。誰かを呼び出して締め上げるにしろ、忍者同士の秘密の会話に勤しむにしろ。
4:夜の倉庫街。すでに人通りはなく、明かりといえばオレンジ色にちらつく街灯だけだ。
5:下校時間の校庭。不良生徒たちを見ては、ひそひそと話す生徒たちの姿がちらりと見える。教職員です、こちらを見ても眉をひそめてただ通るだけだ。
6:夕方の校舎裏は、昼間の教室では味わえない静寂に包まれている。湿ったコンクリート越しに聞こえるものといったら、カラスの鳴き声と、サッカー部の練習の掛け声ぐらいのものだ。
7:荒れ放題の教室。キャッチボールに興じる生徒に喧嘩を始める生徒まで。騒ぎ声は一日中止むことはない。
8:教室の前の廊下に、割れた窓ガラスが散乱している。吹きさらしになった窓の外からは冷たい風が吹き付けていた。
9:通学路沿いにある橋の下。橋の上を電車が通るたびに、けたたましい線路の音が響き渡る。
10:昼休みの食堂。人混みにまみれるここだけは、C組も他の生徒も関係ない。
11:高校近くにある河原の土手で、草の上に寝転がって雲を眺める。どこかで響く吹奏楽の練習の音と、風の音とともに、穏やかな時間が流れていく。
12:他校の不良生徒からの襲撃だ！校庭に集まった奴らは、釘バットを手に、C組の生徒を出せと騒ぎ立てている。

【導入】
あなたは忍者教師の集団｢特命臨時教職員派遣委員会｣の新人教師だ。あなたは学年主任の｢金田太｣の推薦を受け、私立八馬高校３年C組の担任教師を務めることとなった。しかし、あなたが赴任したクラスは、不良生徒に支配された｢問題クラス｣だった。

【使命】
無事、３年C組の生徒を全員卒業させる

【導入】
あなたは３年C組の不良生徒たちのまとめ役となっている生徒だ。あなたが率いる不良生徒たちによって、３年C組は教師陣営もおいそれと立ち入れない｢問題クラス｣になっていた。前任の教師を退職にすら追い込んだあなたは、教師不在のこの教室で、居心地のいい混沌を楽しんでいる。

【使命】
３年C組の学級崩壊を維持し、混沌を楽しむ

【導入】
あなたは３年C組の学生だ。PC②たちならず者の支配する３年C組はまともクラスではないが、あなたはそんなクラスの雰囲気に流されることなく、学問に励んでいる。

【使命】
無事、卒業する

【設定】
八馬高校２年(３年?)の学年主任を務める教師にして、｢特命臨時教職員派遣委員会｣の忍者。人当たりのいい性格のベテラン教師で、生徒たちから｢金田先生｣と親しまれている。

【使命】
３年C組の学級崩壊をおさめる

【設定】
物静かで儚げな印象を持たせる３年C組の生徒。成績優秀で将来を有望された力ある生徒だが、PC②の起こした学級崩壊事件に心を痛め、姿を見せなくなってしまった。冴島は心を閉ざしており、【接近戦攻撃】を含む全ての忍法を使用できない。

【使命】
無事に卒業する