半年前、ある忍びの里が滅ぼされた。
里の被害はひどく生き残ったのはPC1とPC2二人であった。
二人は里を滅ぼした悪忍『土御門 皇鬼』を追うPC3によって一命を取りとめ、
彼とともに『土御門 皇鬼』を追うことを決意し、比良坂機関と協力しながら土御門を追った。
それから半年後、彼ら3人は『土御門 皇鬼』の潜伏している都市にたどり着く。
「これ以上やつを野放しにはできない」
比良坂機関は都市に絶対不可侵の結界を張り、かの悪人の討伐を3人に命じた
時を同じくして、事態に気付いた土御門は自らの右腕であるPC4に
都市に潜む敵の迎撃を命じ、自身もまたおのが目的のために動き出した。
かくして5人の忍者は刃を交え、お互いの腹の内を暴きあう、
壮絶なる忍びの世界と闘いが、いま静かに始まろうとしていた。