斜歯忍軍の活動母体である八咫グループの中核をなす八咫重工業株式会社は、地上400キロメートルに巨大な実験施設「シノビ宇宙ステーション」(Shinobi Space Station= 略称はSSS)を建設した。
複数の筒状のモジュールが組み合わさって構成されるSSSの内部では、無重力・無呪力空間における様々な実験が行われており、PC達を含んだ忍と一般人の入り混じった10人(プレイヤーが3人の場合は9人)はクルーの一員として、このSSSで働いてる。
そんなある日、原因不明のトラブルによってSSSは制御を失い、地球に向けて降下を開始した。400キロメートル上空から落下すれば、いかに忍者とはいえ、無事では済まないだろう。
唯一の脱出手段はこのSSSのモジュールの1つに仮留されている脱出用ポッドのみ。しかし仮留されているモジュールに行きつくには、トラブルによって現在移動不可になっている複数のモジュールを通過しなければならない。
SSS落下までの残り僅かな時間の中、
果たしてクルーたちは無事に脱出できるのか?
そしてこの原因不明のトラブルは如何にして引き起こされたのか?
いったい誰が引き起こしたのか?
命の危機によって生まれる焦りと疑心暗鬼の中、
高度400キロメートルからの脱出劇が今、始まる。