舞台は日本某所・夜羽市。ここには巫女である水鏡友禅を筆頭にした比良坂機関の分社・幽宮が存在しています。
六年前、友禅の指示で隠忍狩りが行われました。世界を変革する力があると言われる"獣の印"。それが発現した隠忍が出現したとの情報を得たためです。隠忍の里は滅ぼされましたが、肝心の"獣の印"が発現した隠忍は一人生き延びました。それがPC①です。
以来友禅は幽宮に籠もり、"獣の印"の力を抑えんと六年後の今に至るまで儀式を続けています。
友禅の名代として彼女の言葉を伝えるのは、幽宮を守る塚森前姫/塚森後姫。PC②、PC③、PC④はPC①が動き出し、水鏡友禅の命を狙っていることを告げられます。
同時に起こり始める夜羽市の異変。一体この街には何が起きているのか。PCたちはそれぞれの思惑を持って、この街で相対することになります。