関東近県に位置する私立大滝高校には、「さかさまセーラー」と呼ばれる伝説が伝わっている。頭を下にして浮かぶセーラー服姿のその少女は、目撃した者の願いを叶えるという……。
私立御斎学園とも繋がりを持つ大滝高校の生徒であるPC1は、忍者の力に目覚めたばかりの半忍だ。私立御斎学園の学園長である六角・アーサー・正重の要請により、まもなく御斎学園へと転校することになっている。
一方時期を同じくして、旧校舎管理委員会の忍者であるPC2は、首魁・殯ノ宮薨からの忍務を受け、怪異「さかさまセーラー」を封印すべく大滝高校へと転校する。
PCふたりは協力して、怪異「さかさまセーラー」の事件に立ち向かうこととなる。