密蔵番の協力者の一人である魔法使い・紅メイジにより、戦国の世に当時のシノビ「由利雷」によって作られ、隠されていた「個人妖蔵」とも呼ぶべき洞窟が発見された。
これを受けて密蔵番は首魁「角地まこら」を筆頭に調査に動き出そうとしたが、別ルートで情報を手に入れ、多くの遺物を研究材料をして確保したい斜歯忍軍や、シノビであったとともに優秀な呪術師でもあったとされる由利雷の子孫であると利権を主張する比良坂機関の一部からの妨害を受け、密蔵番の上層部は表立って動くことが難しくなってしまった。そのため、密蔵番の有望な上忍である「迷ノ宮那由多」に妖蔵の調査を命じた。
迷ノ宮那由多は同じ鞍馬神流のシノビであるPC①と密蔵番の協力者として雇われたPC②とともに、妖蔵の調査へと向かうことになった。しかし、時を同じくして、斜歯のシノビであるPC③、比良坂の利権を主張する一派であるPC④、3つのどの勢力でもないシノビ達もまた、妖蔵の調査へと動き出していた。