導入 事件はヤタガラスランドのパビリオン「試練の塔」の爆発から始まった。修学旅行に来ていた蔦木高校の生徒204人を人質に取ったテロリスト「忍解同盟」の首謀者「松戸龍三郎」は、日本政府に対して同志の釈放を求める。要求が通らなければ生徒ごと塔を爆破する、との声明を出して。忍者中心のテロリスト集団「忍解同盟」に対抗するため、日本政府は直ちに比良坂機関に解決を要請。比良坂機関は「忍解同盟」と戦った経験を持つPC1とPC2に命令を下す。「テロリストを壊滅させ、人質を救出せよ」、と。試練の塔の設計担当者であるPC3、人質に紛れていた元忍者のPC4を巻き込み、事態は加速していく。爆破時刻まであと12時間。
交渉フェイズ 各サイクルの最後に、NPCと交渉するための「交渉フェイズ」が発生する。交渉1回につき3つの段階があり、それぞれに「状況」「指定特技」「成功時の効果」「失敗時の効果」が設定されている。各PCは各サイクルの交渉フェイズで、一度だけ指定特技の判定に挑戦することができる。例えば、1段階目で判定したPCは2段階目、3段階目では判定できない。
PC1 推奨：比良坂機関 【導入】 あなたは二年前、PC2と共に「忍解（にんかい）同盟」と戦って多くの幹部を捕えたが、首謀者である「松戸龍三郎（まつどりゅうざぶろう）」を取り逃した。今度こそヤツを捕まえねばならない。だが、何よりも人質の救出が先だ。 【使命】蔦木高校の生徒を救出すること
PC2 推奨：ハグレモノ 【導入】 あなたはPC1の相棒である。二人でいくつもの難事件を解決してきたが、二年前の事件ではあなたのミスで「松戸龍三郎（まつどりゅうざぶろう）」を取り逃してしまった。今度こそ奴を捕らえなけらばならない。 【使命】松戸龍三郎を捕えること
PC3 推奨：斜歯忍軍 【導入】 八咫重工関連会社が経営するレジャー施設「ヤタガラスランド」。そこの施設設計を担当していたあなたが呼び出されたのは他でもない。あなたが設計を担当した試練の塔に居座ったテロリストに対抗するためだ。仕掛けられた爆弾の爆破予定時刻まであと十二時間。 【使命】爆弾を止めること
PC4 推奨：私立御斎学園 【導入】 あなたは「元」忍者である。日本のためにPC1と共に戦ったこともある。だが、もう抜けたのだ。忍びを抜け、普通の高校に転校してきたあなたは、普通に修学旅行を楽しんでいた。そこへきて突然の爆発。忍者テロリストの登場。己のみを守るためにシノビの技を使うのもやむを得まい。 【使命】試練の塔から脱出すること
蔦木高校の生徒 概要：秘密〇感情×居所× 【設定】 ヤタガラスランドに来ていた修学旅行の生徒。試練の塔でVR忍者体験をしている最中にテロの被害に遭った。彼らは忍者体験用カプセルポッドに入ったままVR世界に囚われており、事件が解決するまで試練の塔から外に出すことはできない。 【使命】無事に家に帰ること
