事件は、八咫重工がスポンサーをする巨大アミューズメントパーク「ヤタガラスランド」のパビリオンーー「試練の塔」の爆発から始まった。
修学旅行に来ていた蔦木高校生徒204人を人質に取ったテロリスト「忍解同盟」の首謀者「松戸龍三郎」は、日本政府に対して逮捕されている同志たちの解放を求める。
要求が通らなければ、生徒ごと塔を爆破するという声明を残して。
忍者中心のテロリスト集団「忍解同盟」に対抗するため、日本政府は直ちに比良坂機関に解決を要請。
比良坂機関はかつて忍解同盟と戦い、その幹部の多くを逮捕したPC1とPC2に命令を下す。
「テロリストを撃滅し、人質を救出せよ」と。
かくして試練の塔設計者であるPC3。普通に修学旅行を楽しんでいたPC4を巻き込み、事態は加速していく。
爆破予定時刻まで、あと12時間！
