・平安時代、世界を自分の物にしようと隠忍の血統の上忍頭・ノロイが自分に賛同する隠忍の血統の忍びと結託した妖魔の軍勢を率いて戦争を起こした。それを止めるため、全流派が同盟を組み連合を結成しノロイ達に勝利した。その戦争を勝利に導いたのが、倖月 神楽耶という忍びが作った5つの殲滅用血戦兵器【五つの難題】である。終戦後、彼女は姿をくらまし、五つの難題も行方知らずとなった。
そして、その戦争もその存在も一部の忍しかと知ることがないくらい表舞台から消えかけた現代。再びその名が忍の世界に轟く。
君達は上司の命令でとある人物の元へ集まっている。
その人物の名は大和 重国（やまと しげくに）。重国の一族は、倖月 神楽耶と深い関係にあり、現代まで密かに【五つの難題】を守ってきていた。しかし先日、とある忍びに襲撃を受けた。その忍びとは先の戦争で死んだと思われていた隠忍の血統・ノロイ。
生きていたのか、それとも生き返ったのかは不明ではあるが、代々五つの難題を守ってきた重国はノロイの容姿も伝えられており一目見ただけで襲撃者が本物であると確信した。重国は1人で救出へいくのは困難だと考え、各流派へ応援を要請だした。ただ、各流派もさすがに上忍を出したくなかったらしく白羽の矢が立ったのが中忍頭である君達が出陣することになったのである。
ノロイは逸話よりも実力が劣っていたようだが、それでも上忍以上、上忍頭未満の力を持っている。流石に中忍頭4人でも劣勢と思ったのか、重国は君達に【五つの難題】を貸し与えた。
あなた達はノロイのアジトを探し出し強襲をしかけるために向かう。だが、アジトからすさまじい轟音が響いた。到着してみれば、アジトはすでに半壊。何かの罠かと警戒しながらアジトへ侵入するも、あっさり最深部へ。そこには無惨な姿のノロイと、地面に倒れてる八重の姿があった。
何があったか不明のままだが、ノロイは死亡し娘も発見、一件落着かと思えた。
重国が八重に近づくとなんだか様子がおかしい。八重は記憶を失っていたのである。
