2ヶ月前、とある地球外からの超巨大妖魔が発見される。
絶望を意味する単語「ディスペア」と名付けられたその超巨大妖魔は惑星を飲み込むほどの大きさがあり、第一回の襲撃で世界は様々な災害が発生し壊滅的な被害に遭った。
なんとかシノビのトップたちによって一時は退かせることができたものの、討伐には程遠く世界は暗雲に包まれた。
そこで全流派の技術を結集し、人の希望へ向かう気持ち、そして忍者の戦闘行動をエネルギーへと変換し、そのエネルギーを使用して「ディスペア」を破壊することが可能な装置「ミライ」が開発される。
2度目の襲撃は3ヶ月後と予測され、それまでにエネルギーを貯めねばならない。
だが、世界の人々は超巨大妖魔に恐れをなし、未来に絶望し、前を向くことができないでいた。
そんな中、世界に希望を与える部隊として結成されたのが今回のPCたちによるグループ「希望の芽」である。
彼等は世界に希望を届けた後に、「ミライ」の最終エネルギーのために最終日に1vs1vs1vs1の試合を行うことになっている。
これは「希望の芽」が芽吹くまでの3ヶ月の物語。
